Użytkownik poziomu centralnego ma możliwość przeprowadzenia kontroli zgodności danych przekazanych w sprawozdaniach resortowych, z danymi przekazanymi w zbiorach centralnych. Aby dokonać takiej kontroli, wybieramy menu Kontrola zgodności sprawozdań i zbiorów centralnych.
Otworzy się okno "Lista kontrolowanych okresów dla formularzy", zawierające listę zdefiniowanych dla formularzy okresów kontrolowanych. Lista w poszczególnych kolumnach zawiera symbol formularza, którego dotyczy kontrolowany okres, okres jaki obejmuje kontrola oraz status kontrolowanego okresu (w przygotowaniu, w trakcie sprawdzania, sprawdzono, zmodyfikowano reguły).
Aby dodać nowy okres kontrolowany dla formularza, wybieramy ikonę Dodaj.
Otworzy się okno "Parametry kontrolowanego okresu", w którym wskazujemy Symbol formularza, dla którego chcemy przeprowadzić kontrolę zgodności oraz okres wykonania tej kontroli.
Wprowadzone dane zatwierdzamy ikoną Akceptuj. Dodany okres dla formularza będzie miał status "w przygotowaniu".
Aby dla utworzonego okresu móc przeprowadzić kontrolę zgodności danych, należy dla tego okresu zdefiniować i włączyć reguły kontrolujące zgodność sprawozdań i zbiorów centralnych. Szczegółowy opis definiowania i obsługi reguł znajduje się w rozdziale Definiowanie reguł. Istnieje również możliwość dla utworzonego okresu skopiowania reguł z poprzedniego okresu. W tym celu należy wykonać operację Kopiowanie reguł dla okresu. Szczegółowy opis wykonania tej operacji znajduje się w rozdziale Kopiowanie reguł dla okresu.
Po zdefiniowaniu i włączeniu reguł dla danego okresu możemy przeprowadzić kontrolę zgodności danych sprawozdań i zbiorów centralnych. W tym celu na liście kontrolowanych okresów zaznaczamy okres, który chcemy skontrolować i wykonujemy operację Kontrola zgodności danych.
Przed uruchomieniem zadania sprawdzane jest, czy wybrany okres posiada zdefiniowane i włączone reguły. Jeśli dany okres nie posiada włączonych reguł, pojawi się komunikat: "Dla wybranego okresu nie istnieją włączone reguły kontrolujące zgodność sprawozdań i zbiorów centralnych.".
Kontrola zgodności danych, realizowana jest jako zadanie w tle. Dla okresu z włączonymi regułami i statusem "w przygotowaniu" lub "zmodyfikowano reguły", wykonanie operacji spowoduje uruchomienie zadania sprawdzenia zgodności danych sprawozdań i zbiorów centralnych.
Uwaga! Dla okresu, który jest w trakcie sprawdzania (status "w trakcie sprawdzania"), nie można uruchomić ponownie operacji "Kontrola zgodności danych". W takiej sytuacji należy poczekać na zakończenie aktualnie trwającego procesu.
Dla okresu, który został już sprawdzony (status "sprawdzony"), można ponownie wykonać sprawdzenie zgodności danych. Ponowne sprawdzenie zgodności danych spowoduje wycofanie wszystkich próśb o przesłanie wyjaśnień. Status dla tego okresu na liście zmieni się na "w trakcie sprawdzania". Po zakończeniu zadania należy ponownie skierować do jednostek prośby o wyjaśnienia. W takiej sytuacji sprawdzeniu podlegać będą jedynie te jednostki, które wczytały nowsze wersje sprawozdań i zbiorów. Uzupełnione i przesłane wcześniej wyjaśnienia pozostaną widoczne, natomiast dla wszystkich jednostek, które nie przesłały wyjaśnień, trzeba będzie ponownie skierować prośby o wyjaśnienia.
Przekazane do wykonania zadanie sprawdzenia zgodności sprawozdań i zbiorów centralnych, dostępne jest z poziomu listy zadań, po wybraniu ikony 
, znajdującej się na górnym panelu aplikacji. Na liście zadań możliwe jest przeglądanie danych zadania (ikona Przeglądanie) oraz ponowne wykonanie zadania (operacja Wykonaj ponownie zadanie). Szczegółowy opis listy zadań znajduje się w rozdziale "Lista zadań".
Po zakończeniu sprawdzania zgodności danych sprawozdań i zbiorów centralnych status okresu na liście zmieni się na "sprawdzony". Dla takiego okresu możemy zobaczyć szczegółowe wyniki kontroli zgodności danych. Szczegółowy opis wyświetlenia wyników znajduje się w rozdziale Wyświetlenie wyników kontroli zgodności danych.