Użytkownicy podobszaru PS pracujący na poziomie Województwa oraz Ministerstwa mają możliwość porównywanie zbiorów centralnych, biorąc pod uwagę najbardziej istotne dane.
W tym celu na liście zbiorów zaznaczamy zbiór, który będziemy porównywali i wykonujemy operację Porównanie zbiorów.
Po pojawieniu się listy zbiorów, z którymi można dokonać porównania, wybieramy drugi zbiór i zatwierdzamy wybór ikoną 
.
Zawartość obydwu zbiorów zostanie wyświetlona w nowym oknie, a różnice w zbiorach wyszczególnione zostaną pomarańczowym kolorem:
W przypadku porównywania zbiorów powstałych w wyniku scalania możemy porównywać tylko zbiory dotyczące tego samego okresu i pochodzące z tej samej jednostki.
Po zakończeniu czytania wyniku porównania powracamy do okna "Lista zbiorów centralnych" poprzez zamknięcie okna przeglądarki.