Na poziomie Województwa oraz Ministerstwa istnieje możliwość porównywanie zbiorów centralnych, biorąc pod uwagę najbardziej istotne dane.
Na liście zbiorów zaznaczamy zbiór, który będziemy porównywali. Wybieramy operację Porównanie zbiorów i akceptujemy wybór poprzez 
.
Po pojawieniu się listy zbiorów, z którymi można dokonać porównania, wybieramy drugi zbiór i zatwierdzamy wybór ikoną 
.
Zawartość obydwu zbiorów zostanie wyświetlona w nowym oknie, a różnice w zbiorach wyszczególnione zostaną pomarańczowym kolorem:
W przypadku porównywania zbiorów powstałych w wyniku scalania możemy porównywać tylko zbiory dotyczące tego samego okresu i pochodzące z tej samej jednostki.
Po zakończeniu czytania wyniku porównania powracamy do okna "Lista zbiorów centralnych" poprzez zamknięcie okna przeglądarki.